北京大学肿瘤医院中心实验室成立于1996年，是教育部、北京市恶性肿瘤发病机制及转化研究重点实验室的技术支撑平台科室，拥有高分辨生物质谱、流式细胞技术、激光扫描共聚焦显微镜、高内涵成像分析系统、多功能数字病理扫描系统、细胞能量代谢分析仪等大型平台，还拥有多种常规公共科研设备，总设备资产5000余万元。本室工作人员包括：主任技师1名，副研究员2名，副主任技师3名，主管技师1名，初级技士1名。

中心实验室实现了技术与设备资源的有效整合，建立了智能化的科研平台管理系统，面向院内外提供科研服务和教学培训。科室年均支撑科研项目100余项，服务机时3万多小时，助力发表论文的累计影响因子逾200分。依托平台开展肿瘤免疫、肿瘤微环境和代谢相关科研，主持和参与多项国家自然科学基金、北京市自然科学基金等国家级和省部级项目。“授之鱼不如授之于渔”，近三十年来，中心实验室已逐渐成为北大医学部研究生模块化教学和常规技术培训课程的实验基地，定期开展大型科研仪器设备共享平台一对一培训，累计举办青年科研论坛60余期。自2016年起承办了国家级、市级继续医学教育项目，被评为“北京大学医学部继续教育精品项目”。